エントリーを普通に書くと、おそらくEncodeで変換するときに、「～」が「?」に変換されるのだ。
なので、MovableType（Version 3.33-ja）のライブラリを直接書き換えてやろうと思ったのですが、うまくいかない…。
やっぱり「～」って書かないといけないかなぁ…。
参考：
[Perl] Encode::FB_XMLCREFでコード変換に失敗＆対策 Kawa.net Blog（ゆうすけブログ）/ウェブリブログ
404 Blog Not Found:perl - Encode::from_to() and fallback options
